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【2025 年 第 9 期】
Top Journal Express
展开剩余87%一、使用BindCraft实现功能性蛋白质结合剂的单样本设计
题目：One-shot design of functional protein binders with BindCraft
内容提要：
蛋白质-蛋白质相互作用是所有关键生命过程的核心。然而，决定蛋白质相互作用的结构特征十分复杂，使得其设计极具挑战性。该论文提出BindCraft——一个开源且全自动的从头蛋白质结合剂设计流程，实验成功率可达10%至100%。BindCraft利用AlphaFold2的权重模型，在无需高通量筛选或实验优化的情况下，即可设计出具有纳摩尔级亲和力的结合剂，即使在结合位点未知的情况下也能实现。作者团队成功针对一系列具有挑战性的靶标设计出结合剂，包括细胞表面受体、常见过敏原、从头设计的蛋白质，以及多结构域核酸酶（如CRISPR-Cas9）。该团队通过多个功能验证展示了这些设计结合剂的治疗潜力：在患者来源样本中降低IgE对桦树花粉过敏原的结合、调控Cas9基因编辑活性，以及减弱食源性细菌肠毒素的细胞毒性。该研究标志着计算设计领域向“一次设计，一个结合剂”目标迈出了重要一步，在治疗、诊断及生物技术领域具有广阔的应用前景。
来源：Nature
发表时间：2025-8-27 （online）
作者：Martin Pacesa B, Lennart Nickel, Christian Schellhaas, et al.
机构：瑞士联邦理工学院，瑞士生物信息研究所，瑞士洛桑联邦理工学院蛋白质设计与免疫工程实验室，瑞士生物信息学研究所等
相关图表：
Fig. 1: De novo binder design using BindCraft
Fig. 2: Binder designtargeting cell-surface receptors.
Fig. 3: Designs occludingepitopes ofcommon allergens.
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二、水中通过硫酯介导的RNA氨酰化及肽基-RNA合成
题目：Thioester-mediated RNA aminoacylation and peptidyl-RNA synthesis in water
内容提要：在核糖体介导的肽链合成过程中，转运RNA（tRNA）必须在其2′或3′-二醇基团上与活化的氨基酸发生氨酰化反应。因此，在水环境中实现RNA的选择性氨酰化是解释蛋白质生物合成起源所必须解决的关键难题。迄今为止，尚无任何化学方法能够在水相中以多种蛋白源性氨基酸高效且选择性地对RNA的2′,3′-二醇进行氨酰化。该研究证明：（生物相关的）氨酰硫醇在水溶液中能优先与RNA的二醇基团反应，而非与游离氨基等亲核试剂反应从而实现选择性氨酰化，有效避免非编码性的副反应肽键形成。该方法具有广泛的氨基酸侧链兼容性，成功实现了包括Ala、Arg、Asp、Glu、Gln、Gly、His、Leu、Lys、Met、Phe、Pro、Ser和Val在内的多种氨基酸的氨酰化；其中，Arg的氨酰化效率因侧链参与的罕见亲核催化作用而显著提升。此外，RNA双链结构的形成可引导2′,3′-二醇位点的化学选择性氨酰化。该研究还发现，前生命环境中常见的腈类、N-羧基酐（NCA）和氨基酸酸酐，以及生物体内的氨酰腺苷酸，均可在水相中与硫醇（如辅酶A和辅酶M）反应，高效生成相应的氨酰硫醇。最后，该团队还发现将活化方式从硫酯转变为硫代酸，可逆转对二醇与氨基的反应选择性，从而高效促进肽键的形成。在中性水溶液中，通过两步一锅法实现了化学可控的肽基-RNA合成。该研究结果表明，在蛋白质类氨酰-tRNA合成酶进化出现之前，硫醇类辅因子在RNA氨酰化过程中可能发挥了至关重要的作用，为生命起源早期遗传密码与肽合成的偶联提供了新的化学路径。
来源：Nature
发表时间：2025-8-27 （online）
作者：Lyoti Singh, Benjamin Thoma, Daniel Whitaker, et al.
机构：伦敦大学
相关图表：
Fig.1 RNA aminoacylation
Fig.2 Reactivity of nucleophiles with alanine thioester.
Fig.3 Selective aminoacylation of oligonucleotides in water.
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三、Stereo-seq V2：基于FFPE切片的高分辨率全转录组RNA空间图谱构建
题目：Stereo-seq V2: Spatial mapping of total RNA on FFPE sections with high resolution
来源：Cell
发表时间：2025-8-28 （online）
作者：Yu Zhao, Young Li, Ying He, et al.
机构：深圳华大生命科学研究院基因组与多组学技术国家重点实验室，杭州华大生命科学研究院，青岛华大生命科学研究院
相关图表：
Fig.1.Stereo-seq V2 exhibits better molecule diffusion performance.
Fig. 2. Stereo-seq V2 dissects the adult mouse brain with single-cell resolution.
Fig.3.Stereo-seq V2 conveys whole-gene-body coverage in total RNA profiling.
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图文内容| 曹 元
排版编辑| 乔 然 徐嘉莹
审 核| 张红伟 左文革配资盘网
发布于：北京市广升网提示：文章来自网络，不代表本站观点。
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